Geneformics公布基因组测序数据压缩方案,基因大数

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基因测序价格的向下飞跃给予了基因监测、精准治疗领域极大的价值。与此同时,基因数据的储存与分析处理成为众多企业追逐的香饽饽。在这个时代,掌握了数据就掌握了主动权。

Geneformics D大幅提高基因组数据在云端上传、下载、存储及备份的效率(最高可达原来的10倍) 美国加州森尼韦尔市——Geneformics数据系统有限公司(以下简称“Geneformics”)是基因组IT架构领导者之一,专注于提高第二代测序数据的传输、存储及备份的效率。Geneformics今日正式发布Geneformics D,一款专为基因组数据设计的分布式云端压缩解决方案。Geneformics D将基因数据上传,下载,存储和备份的速度及效率提高近10倍,同时降低90%的成本。 与现有应用不同,Geneformics D被整合到云端架构中,从而提供无缝,可拓展服务,而非生硬地作为一款应用添加于基因组工作流程中。 Geneformics D基于Geneformics与以色列魏茨曼研究所共同研发的无损压缩技术,可为基因组云端程序提供企业级的基础设施服务。运用Geneformics D技术,从人群测序、基因库、遗传、罕见疾病、癌症和基因组学药物治疗研究中提取的精准医学数据可被自动压缩,这一过程对用户透明,从而高效地节省时间,带宽及大量存储空间。 Geneformics CEO Rafael Feitelber 表示:“精准医学正在促使医疗及研究机构将基因组数据分析过程从本地向云端架构迁移, 因为云端架构的高可扩展性,共享性和易用性更具有吸引力。现在,通过Geneformics D技术,相关机构可以通过云端高可扩展的无缝基因组数据压缩大大加快数据分析流程,减少储存需求。 Geneformics公司的创始人兼CTO Arik Keshet表示:“单个人类全基因组测序的数据量大约为250-300GB,Geneformics目前致力解决海量数据给第二代测序从业人员所带来的巨大挑战。通过使用Geneformics D技术,经压缩的全基因组数据大小仅有原来的十分之一。同时,由于Geneformics D技术与底层架构的无缝整合,使得用户不需要改变任何的数据格式和应用接口。 Geneformics D采用分布式的、云端压缩文件系统,目前已整合至亚马逊网络服务,Geneformics D未来版本将会陆续整合其他云服务提供商。Geneformics D软件安装在每个计算实例上,协同实现一个对象即文件(object-as-file),经过透明压缩的Linux标准文件系统。Geneformics D动态解压缩技术让采用原生FASTQ和BAM格式的数据分析应用不需修改即可使用,从而保证对生物信息流程的影响最小。 其他Geneformics D功能包括: 在实例连接的磁盘上,智能缓存解压文件段,并加速数据分析进程。 与计算基础架构的无缝整合,具有几乎无限的拓展能力。 自动化云端基因组数据存储管理,可将数据引导至最具成本效益的存储层。通过细粒度的对象储存分层,在空间压缩的成本节省的基础上还可以再节约高达50%的成本。 更多Geneformics信息和演示请求,请访问网站www.geneformics.com. Geneformics是基因组数据管理和压缩技术的全球领导者之一。Geneformics依托生物信息学家、计算机工程师及以色列魏茨曼研究所共同开发的专有技术,降低大数据的复杂性,使得可以轻松访问海量基因组数据。公司的解决方案已被全球多家公司采用,以优化数据传输、存储和备份,推动精准医学发展。Geneformics在美国硅谷和以色列均设有办事处,由国际知名的风险投资基金提供资金保障。 联系方式 英福伦斯公关 杨浩 edward@inmatt.com分享阅读:癫痫病能治好吗颠痫女性尖锐湿疣

近日,专注于生物医学信息学和数据管理领域的DNAnexus公司宣布完成6800万美元的融资。这些资金来自现有投资者,GV(前谷歌风险投资公司),Foresite Capital,TPG Biotech,药明康德集团企业明码生物科技WuXi NextCODE和Claremont Creek Ventures,以及Innovatus Capital Partners,LLC的债务和股权融资。

DNAnexus就是这样一家公司,在众多基因数据储存企业中脱颖而出。它专注于为用户提供DNA数据储存、共享、分析、管理等服务。2018年1月,公司结束E轮融资,融资金额总计5800万美元。

目前基因组测序的发展面临三大挑战:第一, 需要极大的磁盘空间存储基因组大数据;第二,需要足够快的网络传输速度促进数据共享;第三,基因组大数据的分析和处理预计会话费数万亿个CPU小时。一般而言,研究机构或医院没有足够的储存空间储存如此巨量的数据。即便有能力储存,但也不能保证收集的数据立即派上用场,这也会带来一大笔成本,超过储存数据带来的收益。

基因数据的储存、管理与分析

而DNAnexus的云储存功能完全契合医院、研究机构的需求,它的存储中心可以低成本、高速率存储和调用数据。为了保证数据能够快速上传至云端,DNAnexus提供多种方式上传云端数据。用户可以使用命令行上传;通过网络平台上传;从URL获取;或者通过DNAnexus API直接上传。

基因组测序的发展面临三大挑战:

生物制药公司可使用DNAnexus与医疗健康合作伙伴进行联系,将患者表型信息和基因组信息结合起来,推动开展药物发现、挑选临床试验参与者等活动。

第一,需要极大的磁盘空间存储基因组大数据;

DNAnexus公司正是具备以上特点,才受到众多风投公司的青睐。

第二,需要足够快的网络传输速度促进数据共享;

“DNAnexus改变了全球生物医学研究和开发市场管理其数据和基础设施的方式,”Innovatus董事总经理Claes Ekstrom评论道。 “我们很高兴能够支持DNAnexus通过全球网络实现数据访问民主化,加速科学和医学发现。”

第三,基因组大数据的分析和处理预计会话费数万亿个CPU小时。

该融资支持DNAnexus Apollo™的部署,这是一个用于多组学和临床数据探索,分析和发现的高级平台。 Apollo平台使用DNAnexus全球网络,提供安全且合规的基础架构,可访问协作环境中的工具和数据集。 DNAnexus支持世界上一些最大的人类基因组测序项目,包括NIH的All of Us,St Jude Cloud,Astra Zeneca的200万基因组计划以及Regeneron-Geisinger合作。

一般而言,研究机构或医院没有足够的储存空间储存如此巨量的数据。即便有能力储存,但也不能保证收集的数据立即派上用场,这也会带来一大笔成本,超过储存数据带来的收益。

DNAnexus首席执行官Richard Daly说:“这项融资有助于我们的转化研究解决方案的进一步发展,以及基于云的研究,临床诊断和临床试验解决方案的基因组学的持续增长。下一波生物医学见解将来自跨机构合作,产生大量的临床和多组学数据。我们致力于改善全球研发组织机构利用大型生物医学数据集开发和提供精准医学解决方案。“

DNAnexus的云储存功能完全契合医院、研究机构的需求,它的存储中心可以低成本、高速率存储和调用数据。

关于DNAnexus

为了保证数据能够快速上传至云端,DNAnexus提供多种方式上传云端数据。用户可以使用命令行上传;通过网络平台上传;从URL获取;或者通过DNAnexus API直接上传。

DNAnexus是一家B2B的基因大数据公司,为基因公司的大数据分析和管理提供云平台服务,已经创建了基因组学和其他生物医学数据的全球网络,在33个国家开展业务,包括北美,欧洲,中国,澳大利亚,南美和非洲。DNAnexus平台服务涵盖生物制药,生物农业,测序服务,临床诊断等,可以帮助成千上万的行业研究人员加速他们的基因组学计划。

DNAnexus平台的API支持任何数据格式及基于Linux的软件。 通过DNAnexus平台,生物制药公司及其合作伙伴可以根据PHI要求安全地搜索患者健康状况和遗传学之间的关系。

生物制药公司可使用DNAnexus与医疗健康合作伙伴进行联系,将患者表型信息和基因组信息结合起来,推动开展药物发现、挑选临床试验参与者等活动。

除了支持任何数据格式之外,该平台的API还支持与LIMS,测序仪器以及三级分析和报告软件的端到端集成。 DNAnexus提供全球网络,将制药公司与医疗保健提供商,医院和临床实验室连接起来,以加速基因组学在诊所的影响。

所有上传的数据均会在云端加密,整个传输过程都将被跟踪控制。DNAnexus把数据的安全性问题看作自己的核心目标之一,在一般情况下,用户可以完全放心基因数据的安全性。

DNAnexus的服务也可解决基因组测序面临的第三个问题。它提供1000个节点,可同时处理百万个对象。用户可在云端直接执行数据分析,无需下载海量数据。同时,整个使用过程也将全程进行加密处理。

DNAnexus曾分别与斯坦福大学与贝勒医学院合作推出了一个大型项目以展示该平台对于大规模基因数据处理的价值。在这两个项目里,DNAnexus 共处理了 17000 个基因组,生成的基因数组超过 500TB。所生成数据可在平台上访问供后续分析与数据共享使用。

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图片来源于DNAnexus官网

DNAnexus及其团队

DNAnexus的成立可以追溯到2009年的斯坦福大学,位于湾区三藩市山景城。DNAnexus是一家B2B的基因大数据公司,为基因公司的大数据分析和管理提供云平台服务。

Richard Daly任DNAnexusCEO,他在健康管理和基因组学领域面拥有三十年的管理经验。 Daly过去在健康管理和健康实验领域均成立过企业,同时也是实验室基因测序和生物信息学先驱Visible Genetics的首席执行官。他曾获得纽约大学金融学士学位和哈佛大学工商管理硕士学位。

首席技术官George Asimenos博士自DNAnexus成立以来一直参与设计和调试DNAnexus产品线,并将其交付于全球客户。 他目前正在开展战略项目,探索如何使用DNAnexus技术超越传统基因组学界限。 George拥有斯坦福大学计算机科学博士学位,他曾在那里参与了人类组基因测序计划。 他的研究经历包括比较性宏基因组学,用于可重构硬件的硅片编译器和椭圆曲线密码分析。

Andrew Carroll博士在DNAnexus任科学副总裁。 他帮助运行了最大的云基因组学项目,该项目与CHARGE Consortium和Baylor医学院共同完成,涵盖20,000个基因组/外显子组,迄今为止进行的最大的植物基因组学项目涵盖了3000个水稻基因组计划中的3000个水稻基因组。 通过DNAnexus科学团队的工作,他曾在个人和群体、基因表达分析、基因结构变异分析、基因组组装、肿瘤正常分析,计算化学和图像处理等方面开展了SNP和indel调用的临床和研究项目 。 他拥有斯坦福大学获得博士学位,其学术工作涉及植物比较基因组学,蛋白质组学和机器学习。

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DNAnexus融资情况

从融资情况来看,领头企业GV、TPG Biotech等均在投资领域有较高的知名度,其行为本身也隐含着极大的价值。

2015年4月,药明康德独投1500万美元凸显中国科技企业试图打入基因市场的决心。

2018年初完成的E轮融资主要用于研究医疗解决方案,扩大其在临床医学研究领域的发展。这可能隐含DNAnexus从基因数据出发,辐射精准医疗各行业的野心。

微软Healthcare NExT计划中重要的一环名为Microsoft Genomics,这是微软进入精准医疗领域关键的一步。DNAnexus无疑可以让微软的工作事半功倍,未来发展可期。

随着基因组分析整合到临床前阶段和临床阶段,DNAnexus将提供全球网络来帮助基因组和临床数据整合分析,加速发掘基因差异对临床结果的影响。

DNAnexus建立在Microsoft Azure和亚马逊网络服务的基础之上,并拥有可扩展的基础架构,可通过“单一平台”立即满足各类计算和数据存储需求。在DNAnexus进行分析计算时,所有数据和计算工具受同一系统控制,消除重复计算,可提高运算速度并降低能耗成本。

对于临床研究人员来说,DNAnexus网络环境提供了一个人性化的操作界面。除了丰富的统计功能,DNAnexus平台还允许医疗机构开发新的分析工具。研发者既可以使用DNAnexus应用程序库中已有的组件,也可以将现有的应用程序和管道移植到DNAnexus中。

从DNAnexus自身业务开展情况情况及技术研发、投资方参与情况及基因领域发展情况看,这家未来独角兽的发展不可限量。随着基因检测技术深入百姓家,DNAnexus的业务量将迎来新的爆发点。

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